De etymologie van Génolhac is zeer omstreden: land van de brem (in het Keltisch "gen"), oorsprong van de wateren, van "aqua"... water (dit is de meest geaccepteerde theorie) of land van Genulius. In de oudheid lag Génolhac op de tinroute, een metaal dat essentieel is voor de productie van brons. Dit tin kwam van de Cassiteriden (de Scilly-eilanden in het zuidwesten van Groot-Brittannië) in het Britse Cornwall. Het lag waarschijnlijk op de handelsroute van de Feniciërs, de Focesen en de Romeinen. Deze route zou later de Regordane-weg (GR®700) worden, die Génolhac doorkruiste en de Romeinse provincie verbond met de Auvergne (Nemausus-Gergovie).
Dezelfde onzekerheid geldt voor de etymologie van de Régordane (weg van Gordianus? weg die de Gards en de gourds verenigt? of weg van de ravijnen?). Het was waarschijnlijk de route die Caesar volgde om de Arvernen aan te vallen (zoals beschreven in "De Gallische Oorlog" van Julius Caesar). Ook Charles Martel en zijn opvolgers gebruikten deze weg tijdens hun achtervolging van de Saracenen. Het is bekend dat de Cevennen beter standhielden tegen de Arabische invasies dan de vlakten. Het kan eveneens een mogelijke route zijn geweest waarlangs de Noormannen de Cèze en de Gardons opvoeren. De feodaliteit vestigde zich in Génolhac en in de Cevennen, zoals overal in Frankrijk tijdens de middeleeuwen, om na de val van het Romeinse Rijk beter weerstand te kunnen bieden aan de barbaarse invasies.
In de 12e en 13e eeuw was Génolhac een co-heerlijkheid, waarbij de eerste heersende families de Anduze en de Randon waren. Later volgden de families Polignac, Budos, Conti en Roche. In deze regio speelden families zoals de Polignacs, Budos, Conti en Roche een belangrijke rol, vooral in de lokale geschiedenis die vaak gekenmerkt werd door verzet en strijd tijdens de godsdienstoorlogen. De familie Polignac wordt bijvoorbeeld vaak geassocieerd met prominente figuren uit de adel, en hun invloed strekte zich uit over verschillende regio's. Ook de familie Budos had waarschijnlijk lokale wortels en speelde wellicht een rol in het beheer van de landerijen en gemeenschappen. De familie Conti had sterke banden met de Franse adel, die verweven raakten met de lokale cultuur. De familie Roche speelde hoogstwaarschijnlijk een belangrijke rol in het dagelijks leven en de lokale zaken, hoewel zij minder bekend is dan de anderen.
De kerkelijke heer van het gebied was de bisschop van Uzès. De bisschop had niet alleen kerkelijke verantwoordelijkheden, maar bezat ook een aanzienlijke wereldlijke macht. Als kerkelijk heer bezat hij landerijen en feodale rechten in de regio. Dit betekende dat hij nauw betrokken was bij de politieke en sociale zaken van zijn gemeenschap, en vaak in concurrentie trad met de seculiere heren. De bisschop van Uzès kan een cruciale rol hebben gespeeld in belangrijke gebeurtenissen, zoals de godsdienstoorlogen in de 16e eeuw, toen de spanningen tussen katholieken en protestanten een hoogtepunt bereikten. Sommige bisschoppen probeerden de vrede en eenheid in de regio te bewaren, terwijl anderen – net als het merendeel van de geestelijkheid in die tijd – diep geworteld bleven in hun strenge overtuigingen. De bisschop belichaamt werkelijk de vermenging van geloof en macht.
De kruistocht tegen de Albigenzen (1209-1218) bracht ingrijpende veranderingen teweeg in deze oude feodale gebieden, nadat de eerste heren partij kozen voor de graven van Toulouse, gevolgd door de annexatie van de Languedoc door Lodewijk de Heilige (Saint Louis) in 1226. De kruistocht had als doel het katharisme uit te roeien, een religieuze beweging die door de Katholieke Kerk als ketters werd beschouwd. De katharen beleden een spiritualiteit die sterk afweek van die van de Romeinse Kerk, en hun invloed had zich verspreid door de Languedoc, inclusief gebieden zoals Génolhac.
Doordat zij openlijk vijandig stonden tegenover de katholieke doctrine, trokken de katharen vele volgelingen aan, wat de Kerk en de adel verontrustte. De kruistocht werd gelanceerd onder het voorwendsel de christelijke orde te herstellen, maar ontaardde al snel in een wrede en bloedige oorlog. De militaire campagnes onder leiding van Simon de Montfort en andere heren werden gekenmerkt door belegeringen, de verwoesting van steden en massamoorden op de bevolking, waaronder onschuldigen. Génolhac, gelegen in de Cevennen, bevond zich dicht bij de conflictgebieden. De inwoners raakten waarschijnlijk verstrikt in de onlusten en werden gedwongen een kant te kiezen tussen de katholieke macht en de kathaarse overtuigingen. Dit klimaat van geweld en wantrouwen beïnvloedde de lokale samenleving generaties lang.
Hierna vestigden de Dominicanen zich in Génolhac. De Dominicanen, ook wel de Predikheren genoemd, zijn een kloosterorde die in de 13e eeuw werd gesticht door Sint-Dominicus. Hun missie was het verkondigen van het Evangelie en het bestrijden van ketterij, in een tijd waarin religieuze spanningen sterk voelbaar waren. In Génolhac vonden zij ongetwijfeld een vruchtbare bodem voor hun missie, vooral vanwege de diversiteit aan overtuigingen die in de Cevennen bestonden. De Dominicanen stonden bekend om hun gemeenschapsleven en hun onderwijs, waardoor zij zich in verschillende streken vestigden om het geloof van de bevolking te beïnvloeden. Hun aanwezigheid in Génolhac bracht waarschijnlijk een specifieke dynamiek teweeg tussen de inwoners, de Kerk en de lokale tradities. Zij speelden mogelijk een rol in het onderwijs, maar ook in de religieuze conflicten, in het bijzonder tijdens de Reformatie en de daaropvolgende godsdienstoorlogen.
De familie Randon, die al nauwe banden had met de Anduze, volgde hen op. Net als veel andere oude adellijke geslachten, had de familie Randon een aanzienlijke invloed op het lokale leven, vooral in een tijd waarin de verhoudingen tussen de heren en de boeren van cruciaal belang waren. In Génolhac speelden zij een belangrijke rol in de landbouw, het landbeheer en zelfs in religieuze kwesties, gezien de landelijke en soms onrustige historische context. Zij namen eveneens deel aan de machtsstrijd tijdens diverse onrustige periodes, zoals de godsdienstoorlogen en economische crises. De Randon verankerde zich tevens in de lokale cultuur door steun te bieden aan ambachtslieden, scholen en liefdadigheidswerken. Elk lid van de familie heeft door zijn of haar eigen keuzes en daden bijgedragen aan het smeden van het sociale weefsel binnen de gemeenschap.
Het eerste handvest. Op 12 mei 1228 ontving Génolhac zijn handvest (charter) van heer Bernard d'Anduze, een neef van Raymond VII, de graaf van Toulouse. Dit handvest werd vervolgens op 30 maart 1234 bevestigd en aangevuld. De eerste heren leken veel sympathie te koesteren voor het Occitaanse katharisme, eerder om politieke redenen dan uit diepe overtuiging. In deze periode werden tevens de kastelen van Montclar en Verfeuil verwoest. Dit handvest was, net als vele andere uit die tijd, een oprichtingsakte of een bevestiging van rechten en privileges die aan een lokale gemeenschap of kerk werden toegekend. De heren verplichtten zich vaak de rechten van de boeren te beschermen, de rechtspraak binnen hun gebieden te garanderen en het spirituele leven van de inwoners te ondersteunen.
Tegen de achtergrond van de kruistocht tegen de Albigenzen en de heersende religieuze spanningen, bevatte het handvest van Bernard specifieke clausules ter bescherming tegen misbruiken door de Kerk of rivaliserende edelen, waarmee hij zijn rol als beschermer van de inwoners benadrukte. Deze handvesten weerspiegelden de machtsverhoudingen en de voortdurende strijd voor het overleven van de gemeenschap. Het handvest van Bernard d'Anduze speelde dan ook een fundamentele rol bij het verankeren van de rechten van de gemeenschap van Génolhac.
In 1271 reisde koning Lodewijk IX door de regio via Concoules, Génolhac en Portes, op weg naar Aigues-Mortes voor de kruistocht, waar hij uiteindelijk de dood zou vinden onder de muren van Tunis. Het christendom werd in de regio verspreid door de heilige Martial (in de 3e eeuw) en door andere vroege monniken en missionarissen. De kerk van Génolhac is gewijd aan Sint-Pieter, evenals de kerk van Portes, die later onder de bescherming van Sint-Gillis (Saint-Gilles) kwam. De feodale heren speelden een aanzienlijke rol in de kruistochten, in het bijzonder de oude familie Hérail de Brésis. De familie Hérail de Brésis was nauw verbonden met de Cevennen-regio, specifiek in het departement Gard. Deze familie behoorde tot de lokale adel en speelde een belangrijke rol in de sociaaleconomische geschiedenis van de streek. De naam Hérail duikt geregeld op in historische documenten, veelal in de hoedanigheid van landeigenaren en lokale heersers. De leden van deze familie hielden zich bezig met lokale bestuurszaken, smeedden strategische allianties met andere adellijke families en waren verantwoordelijk voor het beheer van land en natuurlijke hulpbronnen.
In het jaar 1300 werd het dominicanenklooster gesticht, een gebeurtenis die in 1303 officieel werd bevestigd door paus Benedictus XI en later door paus Clemens V. De vestiging van het dominicanenklooster in Génolhac vormt een belangrijk hoofdstuk in de religieuze geschiedenis van de regio. De Dominicanen, vermaard om hun toewijding aan onderwijs en prediking, stichtten vanaf de 13e eeuw kloosters in heel Frankrijk, waaronder ook in plattelandsgebieden zoals Génolhac. Dit klooster diende waarschijnlijk als een spiritueel en sociaal centrum voor de inwoners, en functioneerde niet alleen als gebedshuis, maar ook als een plek voor onderwijs en theologische vorming. De Predikheren, zoals zij ook werden genoemd, zetten zich actief in voor de verspreiding van het katholieke geloof en de strijd tegen ketterijen, in het bijzonder tegen het katharisme, dat in de Languedoc sterk vertegenwoordigd was.
De Revolutie en de hedendaagse periode in Génolhac. Op 21 december 1788 vond de voorbereidende vergadering van de consuls van het dorp plaats. Op 11 maart 1789 werd het klachtenboek (cahier de doléances) opgesteld door de heren Bondurand Laroche en Lafont d'Aiguebelle. De lokale notabelen en pastoor Bouziges namen hieraan deel. Op 14 juli 1789 werd de lokale heer, de heer de Roche, benoemd tot kapitein van de compagnie van 60 mannen uit Génolhac. Hij schonk de eerste driekleurige vlag (tricolore) aan de gemeente. Op 14 juli 1790 werd het Feest van de Federatie gevierd. In de parochiekerk zegende pastoor Bouziges de tricolore, die werd gepresenteerd door kapitein François de Roche. De Burgerlijke Grondwet van de Clerus van 24 augustus 1790 riep veel weerstand op onder de geestelijkheid, die massaal zijn toevlucht zocht in het kamp van Jalès in de Ardèche. Pastoor Bouziges verborg zich echter in Tourévès bij de protestantse familie Fabre, en later in Finoune bij de familie Veyras. Hij werd ongemoeid gelaten. De Vrijheidsboom werd uiteindelijk op 22 juli 1792 op de Place du Colombier geplant.
Op 12 vendémiaire van het jaar IV (4 oktober 1795) eisten catastrofale overstromingen vier doden in Génolhac en Pont de Rastel. Volgens de volkstelling van 1797 had Génolhac 1.380 inwoners, Concoules 899, Chamborigaud 695, Hiverne 492, Ponteils 306, Portes 1.351, Bonnevaux 717, Malons 543 en Aujac 492. Op 16 mei 1824 werd de poort van het stadscentrum (porte du Chef de Ville) gesloopt, waarna in 1830 werd begonnen met het rechttrekken van de rooilijn van de huizen aan de Grand-rue. Tussen 1834 en 1842 werd de nationale weg 106 tussen Nîmes en Moulins (de huidige CD 906) aangelegd.
In 1839 verwoestten nieuwe overstromingen Pont de Rastel. In 1842 werd de school in Pont de Rastel gebouwd, gevolgd door de bouw van de protestantse kerk (tempel) in 1844. Op 10 maart 1861 werd de aanleg van de spoorlijn van Brioude naar Alais aangekondigd, maar een station voor Génolhac stond aanvankelijk niet op de planning. Het besluit om het station te bouwen viel uiteindelijk pas op 10 april 1864. Het viaduct van Chamborigaud werd in 1867 voltooid. De tanninefabriek (Ausset-Hermet) werd in 1888 gebouwd. Dit jaartal is nog altijd op de fabrieksschoorsteen te lezen. In april 1889 vond er een zware mijnramp plaats in La Vernarède. Het eerste project voor een scholencomplex met vier klassen kwam in 1894 tot stand. In 1914 werd de oorlogsverklaring aangekondigd midden in de viering van het dorpsfeest. Génolhac zou 39 van zijn zonen verliezen in deze oorlog. In de periode 1929-1931 deed de 'Cours Complémentaire' (middelbare school) haar intrede.
De oorlog van 1939-1945 eiste het leven van vijf inwoners van Génolhac. Het Franse verzet telde twee maquis (verzetsgroepen) in de regio: één in Sénéchas en één in Bouzèdes. Génolhac rouwt om vier martelaren: Jean-François Pelet (gesneuveld in de Vogezen), Aimé Crégut (omgekomen bij de mijnput van Celas, vlakbij Alès), Georges Leyton (geëxecuteerd door de Duitsers) en Robert Brun (gefusilleerd op 5 juni 1944 voor het hotel van de Mont Lozère). De Bevrijding werd ingeluid met de doortocht van de 5e Pantserdivisie (5e DB) op 30 en 31 augustus 1944. In 1950 werden het waterleidingnet en de riolering aangelegd. De officiële opening van het nieuwe schoolgebouw vond plaats in 1961. De historische looifabriek sloot definitief haar deuren in 1964. Tussen 1978 en 1980 werden bij het restaureren van de gevels van twee panden in de Grand-rue architecturale resten uit de late middeleeuwen ontdekt.